Продолжительность инкубации при гепатите Е колеблется от 2 до 10 недель, чаще составляя 5-6 недель. По своим клиническим проявлениям гепатит Е очень схож с гепатитом А. Он также может протекать с желтушечной формой и без. В сравнении с гепатитом А, гепатитом Е чаще всего заболевают взрослые 15-40 лет. Начало болезни бывает либо острым, либо постепенным. Больные страдают нарушением аппетита, слабостью, температурой, ломотой в теле, тяжесть в правом подреберье, часто возникает тошнота и рвота. При осмотре фиксируется увеличение печени, редко селезенки. Моча может приобретать темный цвет. Желтушный период длиться недолго около 1-2 недель. В отличие от гепатита А, у больных после окончания желтушного периода не наступает симптоматическое улучшение состояния.
Тяжелые формы гепатита Е преимущественно возникают у беременных женщин. Для остро развивающегося гепатита характерна выражена общая печеночная недостаточность и угроза жизни для инфицированного. В случае заражения вирусом на поздних сроках беременности возможна потеря плода или мертворождение. Смертность среди женщин на третьем триместре беременности достигает 20%-25%.